Simulasi Docking Beberapa Senyawa Turunan 3,3',4',5,7-pentahidroksi Flavon terhadap Aktivitas Enzim COX-2

  • Niken Sulistyo Wardani
  • Nur Mita
  • Muhammad Amir Masruhim

Abstract

Senyawa 3,3',4',5,7-pentahidroksi Flavon (Quersetin) merupakan senyawa yang berasal dari turunan golongan flavonoid. Senyawa ini memiliki terapi sebagai anti nyeri dan antiinflamasi. Munculnya efek samping akibat penggunaan obat NSAID menyebabkan perlunya studi pencarian senyawa obat spesifik COX-2. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui aktivitas beberapa turunan senyawa 3,3',4',5,7-pentahidroksi flavon terhadap enzim COX-2, mengetahui nilai energi bebas (ΔG) yang terjadi pada beberapa turunan senyawa terhadap enzim COX-2 dan mengetahui ikatan hidrogen dan interaksi yang terjadi pada ikatan ligan-reseptor. Metodologi penelitian ini menggunakan modifikasi senyawa 3,3',4',5,7-pentahidroksi flavon yang di docking-kan pada reseptor enzim COX-2 kode PDB: 6COX dengan menggunakan aplikasi AutoDock Tools 1.5.6, RMSD yang digunakan sebesar 2,86 Å. Hasil data menunjukkan bahwa perbandingan energy skor (kkal/mol) turunan senyawa 06, 10, 09, 01, 04, 05, 03 dan 08 lebih tinggi dibandingkan dengan ligan alami dan senyawa utamanya, yaitu sebesar -1,80 kkal/mol pada NAG661 dengan tiga ikatan hidrogen, -0,18 kkal/mol pada senyawa utama dengan tiga ikatan hidrogen dan -3,16 kkal/mol pada senyawa 06 dengan satu ikatan hidrogen yang merupakan nilai ΔG dengan aktivitas tertinggi. Asam amino yang berperan dalam interaksi beberapa turunan senyawa 3,3',4',5,7-pentahidroksi flavon adalah SER38 (Serin 38), GLU67 (Glutation 67) dan ASN68 (Asparagin 68).

References

[1] Levita. Jutti. 2008. Langkah-langkah Tutorial Docking AutoDock 4.2. Amsterdam.
[2] Pranowo, Harno Dwi. 2009, Peran Kimia Komputasi dalam Desain Molekul Obat. Yogyakarta: Universitas Gadjah Mada.
[3] Saifudin., 2014, Metode Penelitian. Pustaka Pelajar. Yogyakarta
[4] Siswandono, dan Soekarjo, B., 2011, Kimia Medisinal Jilid 1. Airlangga University Press. Surabaya.
[5] Supratman, U., 2010, Elusidasi Struktur Senyawa Organik : Metode Spektroskopi untuk Penentuan Struktur Senyawa Organik. Widya Padjajaran. Bandung.
[6] Trott, O. & Olson, A.J. (2010). AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization and multithreading, Journal of Computational Chemistry, 31: 455-461
Published
2018-12-31
How to Cite
Wardani, N. S., Mita, N., & Masruhim, M. A. (2018). Simulasi Docking Beberapa Senyawa Turunan 3,3’,4’,5,7-pentahidroksi Flavon terhadap Aktivitas Enzim COX-2. Proceeding of Mulawarman Pharmaceuticals Conferences, 8(1), 156-160. https://doi.org/10.25026/mpc.v8i1.318

Most read articles by the same author(s)

1 2 3 4 5 6 > >>