Penambatan Molekular Senyawa Metabolit Sekunder dari Daun Kelor sebagai Inhibitor Protease Utama dari SARS-CoV-2

  • Mayda Ariyati Laboratorium Penelitian dan Pengembangan Kefarmasian "Farmaka Tropis", Fakultas Farmasi, Universitas Mulawarman, Samarinda, Kalimantan Timur, Indonesia
  • Nur Masyithah Laboratorium Penelitian dan Pengembangan Kefarmasian "Farmaka Tropis", Fakultas Farmasi, Universitas Mulawarman, Samarinda, Kalimantan Timur, Indonesia
  • Islamudin Ahmad Laboratorium Penelitian dan Pengembangan Kefarmasian "Farmaka Tropis", Fakultas Farmasi, Universitas Mulawarman, Samarinda, Kalimantan Timur, Indonesia

Abstract

Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus-2 (SARS-CoV-2) merupakan virus penyebab COVID-19. Salah satu kandidat target potensial dari SARS-CoV-2 ialah protease utama (Mpro). Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui interaksi antara senyawa dari daun kelor dengan makromolekul Protease Utama SARS CoV-2 dan mengetahui senyawa yang berpotensi sebagai inhibitor Mpro secara in silico dengan studi penambatan molekuler. Struktur dari SARS CoV-2 sebagai molekul target diperoleh dari database PDB (ID: 5R84) 2-cyclohexyl-~{N}-pyridin-3-yl-ethanamidesebagai ligan alami. Analisis penambatan molekuler dilakukan dengan menggunakan AutoDockTools dengan jumlah runs 100 kali. Grid diletakkan pada ligan alami dengan ukuran kotak 40x30x34 dan center 9.812?x-0.257?x20.849? denganspacing 0.375?. Berdasarkan hasil docking dari 22 senyawa metabolit sekunder daun kelor diperoleh 17 senyawa yang memiliki nilai ikatan energy lebih rendah dari ligan alami. Senyawa Quercetin-3-o-glucoside memiliki nilai terendah sebesar -9.35 kkal/mol dibandingkan ligan alami yaitu sebesar -6.56 kkal/mol . Berdasarkan interaksi dari binding site M-pro SARS-CoV-2, senyawa niazimin memiliki interaksi yang mirip dengan ligan alami. Bentuk interaksi yang terjadi adalah adanya ikatan hydrogen dengan residu HIS41, MET49, MET165, CYS145, GLU166, HIS163. Hasil ini menunjukkan bahwa senyawa metabolit sekunder dari daun kelor memiliki aktivitas dalam menghambat protease utama SARS-CoV-2. Tetapi perlu dilakukan perbandingan dengan makromolekul lain.

Author Biographies

Mayda Ariyati, Laboratorium Penelitian dan Pengembangan Kefarmasian "Farmaka Tropis", Fakultas Farmasi, Universitas Mulawarman, Samarinda, Kalimantan Timur, Indonesia
Nur Masyithah, Laboratorium Penelitian dan Pengembangan Kefarmasian "Farmaka Tropis", Fakultas Farmasi, Universitas Mulawarman, Samarinda, Kalimantan Timur, Indonesia
Islamudin Ahmad, Laboratorium Penelitian dan Pengembangan Kefarmasian "Farmaka Tropis", Fakultas Farmasi, Universitas Mulawarman, Samarinda, Kalimantan Timur, Indonesia

References

[1] Biswa,D. Et al. 2019. Moringa Oleifera Lam. And derived phytochemicals as promising antiviral agents: A review

[2] Edwinanto, L., Septiadi, E., Nurfazriah, L. R., Anastasya, K. S., & Pranata, N. (2018). Phytochemical Features of Moringa oleifera Leaves as Anticancer. Journal of Medicine & Health, 2(1), 680?688.

[3] Jin, Z., Du, X., Xu, Y., Deng, Y., Liu, M., Zhao, Y., Yang, H. (2020). Structure of Mpro from COVID-19 virus and discovery of its inhibitors. Nature.

[4] Nurulita, N. A., Sundhani, E., Amalia, I., Rahmawati, F., Nurhayati, N., & Utami, D. (2019). Uji Aktivitas Antioksidan dan Anti-aging Body Butter dengan Bahan Aktif Ekstrak Daun Kelor ( Antioxidant and Anti-aging activity of Moringa Leaves Extract Body Butter). Jurnal Ilmu Kefarmasian Indonesia, 17(1), 1?8.

[5] Setiawan dan Istyastono, 2015. Uji In Silico Senyawa 2,6-Dihidroksiantraquino Sebagai Ligan Pada Reseptor Estrogen Alfa, Jurnal Farmasi Sains Dan Komunitas, Volume 12, (2), 76?79.

[6] Susilo, A., Rumende, C. M., Pitoyo, C. W., Santoso, W. D., Yulianti, M., Sinto, R.,Cipto, R. (2020). Coronavirus Disease 2019?: Tinjauan Literatur Terkini Coronavirus Disease 2019?: Review of Current Literatures. Jurnal Penyakit Dalam Indonesia, 7(1), 45?67.

[7] Tallei, T.E, Sefren G. Tumilaar, Nurdjannah J. Niode, Fatimawali, Billy J. Kepel, Rinaldi Idroes, Yunus Effendi. (2020). Potential of Plant Bioactive Compounds as SARS-CoV-2 Main Protease (Mpro) and Spike (S) Glycoprotein Inhibitors: A Molecular Docking Study.Preprints.Org, (April).

[8] World Health Organization (WHO). Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) Situation Report ? 76 [Internet]. WHO. 2020. Available from: https://pers.droneemprit.id/covid19
Published
2020-12-16
How to Cite
Ariyati, M., Masyithah, N., & Ahmad, I. (2020). Penambatan Molekular Senyawa Metabolit Sekunder dari Daun Kelor sebagai Inhibitor Protease Utama dari SARS-CoV-2. Proceeding of Mulawarman Pharmaceuticals Conferences, 12(1), 23-32. https://doi.org/10.25026/mpc.v12i1.404

Most read articles by the same author(s)