Penambatan Molekular Senyawa Metabolit Sekunder dari Daun Kelor sebagai Inhibitor Protease Utama dari SARS-CoV-2

Abstract

Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus-2 (SARS-CoV-2) merupakan virus penyebab COVID-19. Salah satu kandidat target potensial dari SARS-CoV-2 ialah protease utama (Mpro). Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui interaksi antara senyawa dari daun kelor dengan makromolekul Protease Utama SARS CoV-2 dan mengetahui senyawa yang berpotensi sebagai inhibitor Mpro secara in silico dengan studi penambatan molekuler. Struktur dari SARS CoV-2 sebagai molekul target diperoleh dari database PDB (ID: 5R84) 2-cyclohexyl-~{N}-pyridin-3-yl-ethanamidesebagai ligan alami. Analisis penambatan molekuler dilakukan dengan menggunakan AutoDockTools dengan jumlah runs 100 kali. Grid diletakkan pada ligan alami dengan ukuran kotak 40x30x34 dan center 9.812?x-0.257?x20.849? denganspacing 0.375?. Berdasarkan hasil docking dari 22 senyawa metabolit sekunder daun kelor diperoleh 17 senyawa yang memiliki nilai ikatan energy lebih rendah dari ligan alami. Senyawa Quercetin-3-o-glucoside memiliki nilai terendah sebesar -9.35 kkal/mol dibandingkan ligan alami yaitu sebesar -6.56 kkal/mol . Berdasarkan interaksi dari binding site M-pro SARS-CoV-2, senyawa niazimin memiliki interaksi yang mirip dengan ligan alami. Bentuk interaksi yang terjadi adalah adanya ikatan hydrogen dengan residu HIS41, MET49, MET165, CYS145, GLU166, HIS163. Hasil ini menunjukkan bahwa senyawa metabolit sekunder dari daun kelor memiliki aktivitas dalam menghambat protease utama SARS-CoV-2. Tetapi perlu dilakukan perbandingan dengan makromolekul lain.